Il trapianto è necessario quando risulta alterata la struttura microscopica della cornea o il suo metabolismo. Ciò, infatti, si traduce nella perdita (localizzata o diffusa) della sua trasparenza a causa della formazione di tessuto cicatriziale o per la formazione anomala di vasi sanguigni in una zona in cui normalmente sono assenti; oppure si può essere verificata un'alterazione della curvatura della cornea (ad esempio, nel cheratocono compare un’area di suo assottigliamento e sfiancamento).